Черный аист распространен по долинам рек или вблизи озер и там, где болота чередуются с лесными участками или скалами. Избегает близости человека, выбирает самые глухие и труднодоступные места. Случаи гнездования черного аиста зафиксированы в Окском заповеднике. Численность черного аиста в России стабильно низкого уровня и составляет не более 2500 гнездящихся пар