В течение последних десятилетий первоначальный ареал ягуара сократился на 8,75 млн км2. Сегодня он составляет 46 % от исходного. Вид исчез из многих привычных местообитаний и сохранился преимущественно в бассейне Амазонки. Последний ягуар на юге США был убит приблизительно в 1900 г. Некогда обычный и даже широко распространенный вид пострадал из-за преследования человеком и утраты естественной среды. К сожалению, браконьерская охота на него полностью не остановлена, несмотря на большое число природоохранных документов и штрафных санкций. Кроме того, часть ягуаров гибнет от рук фермеров, для которых эти животные оказываются серьезными вредителями, так как они нападают на крупный рогатый скот. Коммерческая охота на ягуаров с целью добычи шкур, а также отлов животных для продажи в частные коллекции практически прекращены начиная с 1970-х гг. 

Однако аборигены продолжают убивать ягуаров ради добычи ценных трофеев. Во всех странах, где обитает этот вид семейства кошачьих, проводятся природоохранные мероприятия, призванные сохранить его. Начиная с 1990-х гг. численность ягуара стала восстанавливаться. В 2002 г. его перевели из категории VU в категорию NT.