Вид афалина входит в список животных Международной Красной книги, а подвид черноморская афалина занесен в Красную книгу России. В отечественных водах промысел черноморской афалины строго запрещен с 1966 года, постоянно проводятся различные мероприятия по анализу численности этих млекопитающих и их мест обитания. Ученые прикрепляют к их плавникам специальные датчики, которые позволяют исследователям изучать местоположение и поведение афалин. Каждый год несколько особей черноморских афалин отлавливается для дельфинариев и океанариумов.