Численность особей черноморской афалины очень небольшая: около 7 тысяч и постоянно сокращается. Главными опасностями для афалин, как и для всех других обитателей водной среды, является загрязнение Мирового океана, а также постоянный рост интенсивности судоходства. Очень часто афалины запутываются в рыболовных сетях, из которых они не могут выбраться и погибают, браконьерский промысел тоже негативно сказывается на численности афалин. Такая техногенная проблема, как шумовое загрязнение от судов, нефтяных платформ, гидролокаторов, подводных взрывов при военных учениях и сейсмической разведке также приводит к стремительному сокращению количества черноморских афалин. Дельфины теряют ориентацию в пространстве, что приводит к их массовым выбросам на берег.