Общая численность японского журавля оценивается в 1700–2000 особей. Он находится под угрозой исчезновения и включен в Красную Книгу России и Международную Красную Книгу — IUCN (EN). Вид находится под запретом международной торговли (Приложение I CITES). 
Японские журавли хорошо размножаются в неволе, и в настоящее время ведутся работы по восстановлению численности этого вида путем создания полудикой популяции. Птенцы, выращенные в неволе и передержанные зиму, спокойно относятся к присутствию человека и могут гнездиться там, где дикие птицы не гнездятся. С 2002 г. на Дальнем Востоке в Хинганском заповеднике начата программа реинтродукции японского и даурского журавлей. Птенцов, выращенных в питомниках Хинганского и Окского заповедников и в Московском зоопарке, выпускают на территории Хинганского (а в перспективе — ещё и Ханкайского и Хасанского) заповедников, пополняя дикую популяцию японского журавля. 
Японский журавль — сильная и осторожная птица, и естественных врагов у него практически нет.