Занесена в Красный список МСОП-96, Приложение 2 СИТЕС. Находится под охраной в Кавказском заповеднике (тисо-самшитовая роща) и Пицундо-Мюссерском заповеднике, где численность ее крайне невелика. Единственное радикальное средство для сохранения черноморского подвида черепахи, как и всего комплекса обитающих в ее ареале уязвимых видов пресмыкающихся и других животных - создание в регионе Национального природного Парка площадью до 250 км2. В качестве первого шага может быть создание Новороссийского заказника на участке от мыса Утриш до р-на Джубги на юге. Средиземноморская черепаха сравнительно легко размножается в неволе, в частности, успешно разводится в Московском зоопарке. Возможна реинтродукция в природу полученного в неволе молодняка.