Отрицательные факторы. Постоянно усиливающаяся изоляция природных территорий и фрагментация лесных и луговых биотопов вида, невозможность пополнения популяций извне. Деградация лесных опушек и полян в результате воздействия неупорядоченной рекреации или примитивного паркового благоустройства периферийных участков леса. Уничтожение естественных укрытий и резкое ухудшение кормовой базы в результате антропогенной трансформации местообитаний вида, прежде всего — при замене природной растительности насаждениями паркового типа.
Движение автотранспорта по пересекающим природные и природно-антропогенные территории проезжим дорогам в период активности ежей (вечернее и ночное время) и их гибель под колёсами. Преследование и уничтожение ежей бездомными и безнадзорными собаками, в т.ч. во время зимней спячки. Попадание ежей в открытые траншеи и люки инженерных коммуникаций, котлованы, отстойники и декоративные водоёмы с вертикально укреплёнными берегами. Ликвидация деревянных строений, садов и огородов на природно-антропогенных территориях и в посёлках сельского типа. Равномерное парковое благоустройство лесных массивов и речных долин без выделения ЗУ. Весенние палы на лугах, выжигание сухой травы и растительной ветоши на лесных опушках и полянах. Отлов животных.
Принятые меры охраны. В 2001 г. вид занесён в Красную книгу Москвы с КР 2. Основная часть существующих мест обитания ежа в Москве находится на ООПТ и природных территориях, предназначенных для их образования. В утверждённой Правительством Москвы проектной документации по сохранению и развитию П-ИП «Измайлово», «Кузьминки-Л юблино», «Царицыно», «Битцевский лес» и «Останкино», ПП «Долина р.Сходни в Куркине», ПЗ «Долина р.Сетуни», ЛЗ «Тропарёвский», КЗ «Петровско-Разумовское», ППр «Серебряный Бор» основные площади пригодных для ежа биотопов выделены в ЗУ. На некоторых ООПТ перекрыты подъезды к местам обитания вида.