Врагов у рыбного филина в природе нет, не считая человека. Гибнут рыбные филины от ружей браконьеров и попадая в капканы, выставленные охотниками на выдру и норку. Рыбный филин также стал редким из-за освоения речных долин. По вине человека происходят вырубки пойменных лесов, при которых исчезают удобные для гнездования старые дуплистые деревья.На реках развивается водный туризм. На уменьшение численности рыбного филина повлияло сокращение рыбных запасов, например лососевых рыб. Рыбный филин оседлый вид, но он уходит из родных мест в особенно голодные годы для поиска пищи.