Японский (уссурийский) журавль считается вторым по малочисленности видом журавлей после американского. В настоящее время вид находится под угрозой вымирания и включён в списки Международной Красной Книги и Красной Книги России, а также находится под запретом международной торговли (Список CITES).

  Охраняется в Курильском, Хинганском и Ханкайском заповедниках, в дальневосточных заказниках. Содержится в большинстве зоопарков и орнитологических питомниках мира.

  Деградация мест обитания - основная угроза виду. Сельскохозяйственное и промышленное освоение угрожает не только районам гнездования, но и местам миграции и зимовок, особенно в Китае. Если гнездовые участки подвергаются трансформации (пожар, наводнение и т.п.), журавли могут пропускать сезон размножения.

  В России также влияют нерегулируемые весенние палы, традиционно применяемые местным населением и приобретающие огромный размах, фактор беспокойства, незаконный отстрел птиц на зимовках и гнездовании.