Существует 4 подвида кольчатой нерпы: беломорский, балтийский, ладожский и сайменский. Два из них (балтийский и ладожский) занесены в Красную книгу России.

Главным отрицательным фактором, влияющим на численность кольчатой нерпы, является загрязнение акваторий озёр и морей, в которых они обитают, сточными сбросами и отходами производства. Также отрицательное воздействие оказывает неконтролируемый промысел.