Редкий вид, сокращающийся в числе. Один из наиболее крупных представителей отряда насекомоядных фауны бывшего СССР, приспособившийся к полуводному образу жизни

Общая численность выхухолей в СССР в 1973 г. составляла примерно 70 тыс. В Белоруссии и на Украине — не более нескольких сотен особей. В 1978 г. численность достигала примерно 40 тыс. особей. В 1980 г. в пойме р. Клязьмы было более 1200 выхухолей. Численность повсеместно сокращается. Основные враги выхухоли: лисица, горностай, хорь, норка, а также, по-видимому, щука и филин. Более сильным конкурентом захватывающим удобные для нор места, а иногда и норы самих выхухолей, является ондатра.