Основные причины редкости – небольшие площади пригодных для гнездования биотопов, близость границы ареала, малая степень изученности.
Вид включен в Приложение 2 Бернской Конвенции, Приложение соглашения, заключенного Россией с Индией об охране мигрирующих птиц. Занесен в Красную книгу Тульской области.
Отрицательные факторы. Редкость и спорадичное распространение вида в Московской обл. Ограниченная площадь старовозрастных дубняков с естественной структурой древесного яруса и значительным участием сухостойных и фаутных деревьев или их отсутствие в городских лесах Москвы.
Проведение в дубравах санитарных рубок, лишающих дятлов возможности найти подходящие для устройства дупла фаутные деревья и ухудшающих их кормовую базу. Целенаправленная трансформация высоковозрастных широколиственных лесов в парковые древостои с вырубкой всех сухостойных, фаутных и отставших в росте деревьев. Массовые весенние пикники с кострами на наибо- лее привлекательных для гнездования вида участках леса.
Принятые меры охраны. В 2001 г. вид занесён в Красную книгу Москвы с КР 4. Природные территории с пригодными для гнездования среднего пёстрого дятла лесными биотопами находятся на ООПТ — в П-ИП «Останкино», НП «Лосиный Остров», П-ИП «Измайлово» и «Битцевский лес». Запланировано объявление заповедной дубравы ГБС ППр. Наиболее старый и значительный по площади дубняк в Измайловском лесу с 1991 г. имеет статус ППр. В ревизионный период в городских лесах Москвы существенно снижены объёмы санитарных рубок.