Численность повсеместно низка, что в целом характерно для всех крупных хищников. Наиболее благополучное состояние популяций в пределах края характерно для мало посещаемых человеком южно-таёжных районов. Относительно высока численность популяции, населяющей низкогорные отроги Восточного Саяна по правому берегу Красноярского водохранилища. В степных районах общая численность существенно ниже, хотя имеются участки с относительно высокой концентрацией. Лимитирующими факторами являются состояние кормовых ресурсов, наличие мест для гнездования, фактор беспокойства, хозяйственное освоение территорий. Меры охраны. Занесён в Красную книгу РФ и повсеместно охраняется законом. Включен в Приложение II Конвенции СИТЕС. Наиболее существенной и действенной мерой сохранения популяций является разъяснение значения филина в природных экосистемах.