Степная пищуха в настоящее время одна из самых редких пищух Евразии. Как и другие норные травоядные животные, пищуха может наносить определённый вред пастбищам и сенокосам, снижая их продуктивность. Однако в настоящее время скорее нужно защищать пищух от хозяйственной деятельности человека, а не наоборот. Степная пищуха занесена Красную книгу МСОП (VU), красные книги России и Казахстана. Статус — IV категория. Пищухи охраняются в нескольких заповедниках, таких как: государственный природный заповедник «Оренбургский», музей-заповедник «Аркаим» и др.