Основная причина сокращения ареала и численности в XX в. - распашка целинных земель. В последнее время некоторые пары степных орлов начинают приспосабливаться к гнездованию в агроценозах  при условии отсутствия беспокойства со стороны человека и наличии достаточного резерва кормов, прежде всего колониальных поселений сусликов. Хотя умеренное развитие животноводства в благоприятно для степных орлов, чрезмерно интенсивный выпас скота ведет к усилению их беспокойства в гнездовой период и падению успеха размножения вследствие гибели оставляемых открытыми кладок от перегрева или быстрого разорения их грачами и другими врановыми птицами . Много гнезд гибнет при уничтожении (чаще всего, сжигании) старых стогов соломы, на которых селятся до 20% орлов . Исключительно высока гибель неопытного молодняка от электрошока на наиболее часто применяемых конструкциях опор ЛЭП.