Образ жизни чёрного аиста изучен слабо. Эта скрытная птица предпочитает селиться в глухих, старых лесах на равнинах и предгорьях возле водоёмов — лесных озёр, рек, болот. В полёте чёрный аист, как и другие аисты, часто парит, распластав крылья. Как и все аисты, чёрный летит, вытянув вперёд шею и откинув назад длинные тонкие ноги.Гнездится один раз в году на высоте 10—20 м в кроне старых, высоких деревьев или на уступах скал в местах далёких от людского жилья, в лесных чащах. Иногда гнёзда чёрного аиста встречаются в горах — на высоте до 2200 метров над уровнем моря. Гнёзда массивные, из толстых веток и сучьев деревьев, скрепленных между собой при помощи дёрна, земли и глины. Как и у белых аистов, у чёрных одно и то же гнездо может служить много лет нескольким поколениям птиц. На места гнездования аисты прилетают в конце марта — начале апреля. Самец приглашает самку на гнездо, распушив белое подхвостье и издавая сиплый свист. В кладке, которую насиживают оба родителя, насчитывается от 4 до 7 яиц. Насиживание длится около 30 дней. Поскольку насиживание начинается с первого отложенного яйца, птенцы появляются неодновременно. Вылупившиеся птенцы — белого или сероватого цвета с оранжевым у основания клювом. Кончик клюва зеленовато-жёлтый. Примерно 10 дней птенцы чёрного аиста только лежат в гнезде, затем начинают садиться. В возрасте 35—40 дней встают на ноги. Всего в гнезде птенцы сидят 55—65 дней. Родители кормят птенцов около 4—5 раз в сутки, отрыгивая пищу.