К главным причинам сокращения численности особей данного вида можно отнести масштабную вырубку и замену старых деревьев с дуплами, сокращение лесных площадей, уничтожение молодняка широколиственных плодово-ягодных растений, ежегодные лесные пожары. Живущие возле людей особи часто подвержены охоте со стороны бродячих кошек. Соня садовая включена в Красную книгу, занесена в природоохранный список Международного сообщества по охране вымирающих видов.