Некогда обычный и даже широко распространенный вид пострадал из-за преследования человеком и утраты естественной среды. К сожалению, браконьерская охота на него полностью не остановлена, несмотря на большое число природоохранных документов и штрафных санкций. Кроме того, часть ягуаров гибнет от рук фермеров, для которых эти животные оказываются серьезными вредителями, так как они нападают на крупный рогатый скот. Коммерческая охота на ягуаров с целью добычи шкур, а также отлов животных для продажи в частные коллекции практически прекращены начиная с 1970-х гг. Однако аборигены продолжают убивать ягуаров ради добычи ценных трофеев.