В Красной книге России черноморская афалина относится к третьей охранной категории. Она эндемик Черного моря. У афалины много естественных паразитов — гельминтов и простейших, которые существенно досаждают ей и в неволе. Промысел животного в Черном море был запрещен только в 1986 г. В 1993 г., 29 сентября, в количестве 300 тыс. экземпляров выпущена медно-никелевая коллекционная монета России из серии «Красная книга» достоинством 50 рублей с изображением черноморской афалины.