Гребенчатый тритон очень чувствителен к качеству воды в водоемах. Популяция уменьшилась из-за загрязнения и уничтожения мест обитания: уничтожение лесов, деградация мест обитания в результате хозяйственной деятельности и чрезмерной рекреационной нагрузки, промышленное загрязнение, обмеление водоемов, осушительная мелиорация.

Естественных хищников в среде обитания тритон не имеет, но численность его снижается из-за завезенного из бассейна Амура ротана – головешки, который питается икрой и личинками тритона.