По словам ученых, приблизительное количество манулов в России около 3000 особей и постоянно продолжает сокращаться. Несмотря на то что манул преимущественно обитает в тех местах, которые мало вовлекаются в хозяйственное освоение и где человеческое воздействие минимально, опасность для него представляют расставленные ловушки и капканы, дикие или пастушьи собаки, а также браконьеры. Холодные снежные зимы и сокращение количества грызунов тоже оказывают неблагоприятное воздействие на численность манула.