На японского кита, равно как и на североатлантического, велась интенсивная охота. Сегодня главными угрозами для китов являются столкновения с кораблями, застревание в рыболовецких сетях и загрязнение окружающей среды. Популяция оценивается в 400 животных в Охотском море и около 100 других в восточной части Тихого океана. В целом, вид имеет статус «угрожаемого» (Endangered) в Красном списке МСОП. В особенности, восточная популяция считается находящейся под угрозой вымирания и нет уверенности, что она сможет восстановиться.