Численность дальневосточного сцинка на о. Кунашир как минимум в несколько тысяч особей , Места, где отмечается максимальная численность вида, находятся вне зоны заповедника. В связи с достаточно определенной биотопической приуроченностью дальневосточного сцинка лимитирующими факторами могут оказаться изменение режима термальных источников, а также хозяйственное освоение этих и иных местообитаний. Численность может снизиться в связи с вселением на о. Кунашир европейской норки.