Редкий вид, сокращающийся в числе. Один из наиболее крупных представителей отряда насекомоядных фауны бывшего СССР, приспособившийся к полуводному образу жизни

Численность повсеместно сокращается. Основные враги выхухоли: лисица, горностай, хорь, норка, а также, по-видимому, щука и филин. Более сильным конкурентом захватывающим удобные для нор места, а иногда и норы самих выхухолей, является ондатра.

В толстом хвосте выхухоли есть особые железы, выделяющие мускусный секрет:В давние времена было принято класть в бельевой шкаф хвост выхухоли,чтобы придать вещам приятный аромат мускуса.

Выхухоль интенсивно промышляли из-за ценной шкурки. В первую половину XIX в. ежегодно добывали в среднем по 100 тыс. шт. Преследование и главным образом нарушение среды обитания человеком (осушение пойм, рубка пойменных лесов, загрязнение водоемов и т. д.) сильно снизили и продолжают снижать численность животных. Скот, пасущийся по берегам водоемов, разрушает норы выхухолей.

По всему ареалу добыча выхухоли запрещена. Охраняются в пяти заповедниках(Хоперском, Воронежском, Окском, Мордовском и Луганском) и около 40 заказниках. Довольно хорошо содержится в неволе, однако размножается в неволе плохо.