Сахалинский осетр — одна из самых редких и малоизученных рыб России. Еще в начале ХХ в. он достаточно часто встречался в реках Хабаровского края. Но с середины 1960-х гг. его численность начала резко сокращаться вследствие неконтролируемого браконьерского вылова, который был вызван активным освоением побережья Охотского моря. В настоящее время существует опасность полного исчезновения вида не только на территории России, но и в мировой дикой природе. Чтобы не допустить этого, под охрану была взята горная река Тумнин — единственное место, где еще нерестится сахалинский осетр.

Вид находится под угрозой исчезновения. Главная причина браконьерский вылов производителей в период захода в реки. Существенное негативное влияние оказывают загрязнение рек нефтепродуктами.