Мировая популяция составляет не менее 0.5 млн. гнездящихся пар. В России гнездится не более 20 пар. Процесс снижения численности египетской цапли, гнездящейся в дельте Волги, обусловлен подъемом уровня моря, увеличением продолжительности половодья, что вызывает затопление кормовых угодий птиц. К причинам, сдерживающим расширение гнездового ареала на территории России, следует отнести отсутствие гнездовых биотопов и климатические факторы. Занесена в Приложение 2 Бернской Конвенции, Приложение соглашения, заключенного Россией с Республикой Корея об охране мигрирующих птиц. Охраняется в Астраханском заповеднике.