В пределах ареала большой тушканчик распространен широко, однако не равномерно. Причины тому — мозаичность пригодных местообитаний и антропогенные преобразования территории. Численность и плотность локальных популяций увеличивается с севера на юг: от 0,5—5 особей/га на европейской части ареала до 6—7 особей/га в Семиречье. В северной части ареала при сохранении его границ во второй половине XX в. отмечалось локальное вымирание вида в результате распашки целинных участков степи и сокращения площадей пастбищ и выгонов. Так, вплоть до середины 1990-х годов большой тушканчик встречался в окрестностях Серпухова, где сейчас вымер из-за уничтожения пригодных местообитаний.

В 1920—1960-е гг. в Казахстане шкурки большого тушканчика заготавливали, сейчас промысел прекращён. Он — природный носитель возбудителей чумы, туляремии, лихорадки.

Каждый год тысячи дельфинов погибают, запутавшись в расставленных сетях, также известно множество случаев отстрела дельфинов рыбаками.

Регулярный перелов рыбы человеком, её браконьерский вылов во время нереста, загрязнение океана приводит к истощению рыбных запасов, и, соответственно, кормовой базы дельфинов.

Серьезную угрозу для афалины несет загрязнение океана человеком бытовыми, сельскохозяйственными и промышленными отходами. Накапливающиеся в тканях вредные вещества становятся причиной различных заболеваний, выкидышей у беременных самок, нежизнеспособного потомства. Множество дельфинов регулярно гибнет от разливов нефти, приводящих к сильной общей интоксикации и к закупорке дыхала у особей попавших под нефтяную плёнку.