Основной причиной сокращения численности кольчатой нерпы считается загрязнение среды обитания. Также отрицательно сказывается на них недостаточно регулируемый промысел. К гибели зверей приводит активность специалистов, работающих с ними, и масштабная хозяйственная деятельность. Естественными врагами, влияющим на численность особей кольчатой нерпы, являются белые медведи, песцы, касатки и моржи.